1) Disponibilização dos dados originais;
2) Existência de um código para processar esses dados e analisá-los;
3) Documentação dos dados e do código, possibilitando sua reprodutibilidade;
4) Distribuição e acessibilidade do código.Introdução
R é um software gratuito desenvolvido para computação estatística e gráficos. Roda-se o R em diversas interfaces de usuário (GUI), dentre as quais destaca-se o RStudio, um ambiente de desenvolvimento integrado (IDE) também gratuito. O Rstudio possui também uma versão online gratuita, acessível pelo sítio Posit Cloud.
A plataforma R & RStudio pode ser empregada de modo virtualmente ilimitado para diversas áreas do conhecimento. Dentre essas, as Ciências da Natureza e, em especial, a Bioquímica, Biologia Molecular, Biofísica, e áreas afins.
Bioquímica
Para acessar os conteúdos desenvolvidos com R e RStudio para Bioquímica e temas afins pode-se alternativamente descarregar o ebook Bioquímica Quantitativa & R, ou acessar os tópicos individuais abaixo.
Assim, é possível reproduzir as atividades em qualquer tema tratado, bastando-se clicar no canto superior direito do trecho de código contendo um ícone de cópia 
, e colando-o em uma sessão instalada do RStudio, ou em sua versão online RStudio Cloud. Este tutorial rápido em vídeo ilustra a dica.
, e colando-o em uma sessão instalada do RStudio, ou em sua versão online RStudio Cloud. Este tutorial rápido em vídeo ilustra a dica. São muitas as características que possibilitam o uso do R & RStudio para o ensino e aprendizagem em Bioquímica. Parte dessas características residem na Pesquisa Reproduzível (Gandrud, 2018), o qual é resumidamente norteada pela:
Nesse sentido, a produção de textos, tabelas, gráficos, análise de dados e simulações, podem perfeitamente ajustar-se ao ensino-aprendizagem pelo uso de tais princípios e da simultaneidade de texto e códigos, tangenciando um Ensino Reproduzível. Tal abordagem permite ao leitor o estudo dos diversos temas tratados por leitura e interpretação, como também de sua apropriação mais convergente, pela execução, modificação, e criação de códigos pertinentes em cada tema. Na presente obra, essas concepções são aplicadas ao conteúdo quantitativo e às relações matemáticas dos temas abordados em Bioquímica.
Essas relações estão presentes nos livros-texto de Bioquímica e abrangem, por exemplo, curvas de titulação de ácidos fracos e aminoácidos, estudo de cargas efetivas em biomoléculas, características físico-químicas de proteínas e ácidos nucleicos previstas por análise de sequência, cinética de enzimas e sua inibição, quantidades termodinâmicas e Bioenergética, interação ligante-biopolímero, estequiometria de reações bioquímicas, rotas bioquímicas e redes metabólicas, dentre outros.
De modo geral, os temas acima são abordados neste material com auxílio do R & RStudio. Não obstante, seu conteúdo não possui a pretensão de abordar, para além da superfície, o uso do R, do RStudio, e mesmo dos temas de Bioquímica propostos. Para esses, recomenda-se as fontes tradicionais de tutoriais, livros-texto e internete. E tampouco se arrisca a adentrar no universo da Bioinformática, tradicional ou estrutural, como na Biologia de Sistemas, alinhamento de sequências, predição estrutural, modelagem, dinâmica e atracamento moleculares, ou nas várias faces dos estudos ômicos.
Em resumo, objetiva-se apenas abordar os conteúdos quantitativos e relações matemáticas presentes em parte da Bioquímica, tal como descrito acima, utilizando o R & Rstudio. Essa abordagem tangencia a solução de problemas e simulações por sistema linear de equações, álgebra linear, ajuste linear, não linear, polinomial, linear múltiplo, otimização, minimização, equações diferenciais simples, e análise de sequências, dentre outros.
Secundariamente, objetiva-se permitir que o leitor possa, a partir da repetição ou modificação de trechos simples de códigos e de scripts, reproduzir cálculos, gráficos e/ou tabelas pertinentes aos conteúdos elencados.
De modo geral, os temas acima são abordados neste material com auxílio do R & RStudio. Não obstante, seu conteúdo não possui a pretensão de abordar, para além da superfície, o uso do R, do RStudio, e mesmo dos temas de Bioquímica propostos. Para esses, recomenda-se as fontes tradicionais de tutoriais, livros-texto e internete. E tampouco se arrisca a adentrar no universo da Bioinformática, tradicional ou estrutural, como na Biologia de Sistemas, alinhamento de sequências, predição estrutural, modelagem, dinâmica e atracamento moleculares, ou nas várias faces dos estudos ômicos.
Em resumo, objetiva-se apenas abordar os conteúdos quantitativos e relações matemáticas presentes em parte da Bioquímica, tal como descrito acima, utilizando o R & Rstudio. Essa abordagem tangencia a solução de problemas e simulações por sistema linear de equações, álgebra linear, ajuste linear, não linear, polinomial, linear múltiplo, otimização, minimização, equações diferenciais simples, e análise de sequências, dentre outros.
Secundariamente, objetiva-se permitir que o leitor possa, a partir da repetição ou modificação de trechos simples de códigos e de scripts, reproduzir cálculos, gráficos e/ou tabelas pertinentes aos conteúdos elencados.
Bioquímica Quantitativa com R & RStudio
Para o estudo de Bioquímica e temas afins com auxílio da plataforma R & RStudio, pode-se acessar os temas individuais abaixo, e que se encontram também espelhados no livro Bioquímica Quantitativa & R.
I. INTRODUÇÃO
II. ESTRUTURA E FUNÇÃO
III. METABOLISMO
IV. OUTROS
References
GANDRUD, C. Reproducible research with r and RStudio. [S. l.]: Chapman; Hall/CRC, 2018.