Bioquímica Quantitativa & R
Introdução
1
Biomoléculas e dimensões
1.1
Conversão de unidades
1.2
Versatilidade estrutural em biopolímeros
2
Tampões biológicos
2.1
Sistema acetato
2.2
Sistema bicarbonato
2.3
Sistema fosfato
2.3.1
Titulação de sistemas em geral com programação do R
3
Aminoácidos & Peptídios
3.1
Ponto isoelétrico & aminoácidos
3.2
Ponto isoiônico & biopolímeros
3.3
Ponto isoiônico & bibliotecas do R
4
Proteínas
4.1
Composição de aminoácidos
4.2
Tabela de Purificação de Proteínas & R como planilha eletrônica
4.3
Interação de oxigênio com mioglobina e hemoglobina
4.4
Alguns pacotes do R para estudo de proteínas
5
Enzimas
5.1
Obtenção de parâmetros cinéticos a partir de dados expermentais simulados
5.2
Linearizações e ajustes
5.2.1
Linearização por transformação de Lineweaver-Burk
5.2.2
Linearização por transformação de Eadie-Hofstee
5.2.3
Distribuição de erros nas linearizações de Michaelis-Mentem
5.3
Ajuste não-linear
5.3.1
Ajuste não-linear da equação de Michaelis-Mentem
5.3.2
Algumas vantagens do modelo linear sobre o não-linear
5.4
Enzimas alostéricas
5.5
Inibição Enzimática
5.5.1
Inibição pelo substrato
5.5.2
Modelos de inibição enzimática
5.6
Diagnóstico estatístico de inibição enzimática
5.7
Cinética de estado pré-estacionário
6
Interação Bimolecular
6.1
Modelos de Interação e Representações Lineares
6.2
Ajuste Não-Linear Em Interação Ligante-Proteína
6.3
Sistemas Gráficos no R
6.4
Solução Numérica Para o Equilíbrio de Complexos Ligante-Proteína
6.5
Cinética de Interação Ligante-Proteína e Solução Numérica
7
Ácidos Nucleicos
7.1
Análise de sequências
7.2
Termoestabilidade de DNA
8
Bioenergética & Soluções Matriciais
8.1
Solução de sistema de equações lineares no R
8.2
Matrizes e
R
8.3
Solução de parâmetros termodinâmicos de estabilidade enzimática
8.4
Entalpia De Reação Por Matrizes
8.5
Quantidades Termodinâmicas Por Ajuste Polinomial
8.6
Estabilidade Termodinâmica de Biopolímeros
8.7
Relação Quantitativa Estrutura-Função (QSAR) e Ajuste Multilinear
8.7.1
Ajuste linear múltiplo por função
lm
:
8.7.2
Ajuste linear múltiplo por matrizes:
8.8
Rendimento de Reação & Planejamento Fatorial 2
\(^{2}\)
8.9
Metodologia de Superfície de Resposta (MSR)
8.9.1
Superfície Quadrática de Resposta
8.9.2
Uma palavra sobre matrizes e aplicações
9
Metabolismo
9.1
Rotas metabólicas & Balanceamento de Reações
9.2
Operação matricial
9.2.1
Obtenção do vetor de rota metabólica para a glicólise aeróbia:
9.2.2
Obtenção do balanceamento de ATP, ADP, Pi e coenzimas de oxi-redução na glicólise
10
Redes Metabólicas
10.1
Solução numérica para sistema de equações diferenciais
10.2
Algumas reações do metabolismo da glicose
10.3
Cinética do metabolismo de 6-mercaptopurina
Referências
Apêndice A
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Apêndice A