Exemplos de mapas dinâmicos com Sisma
Sisma é um programa elaborado com a proposta de gerar uma imagem dinâmica de transformações ocorridas entre reagentes e produtos de reações isoladas ou em rede, pela simples inserção de compostos (object) interligados por setas (path). Nesse sentido, o programa foi desenhado para facilitar a inserção de reagentes e vias metabólicas, simulando o que se desenharia com um lápis e uma folha de papel em branco.
O programa foi escrito em Java e permite visualizar e avaliar dinamicamente a transformação de reagentes e produtos em uma reação isolada, um fluxo metabólico, ou mapas complexos. O nome Sisma refere-se ao acrônimo para Sistema de Mapas Autocatalíticos. O programa realiza uma simulação visual e quantitativa num mapa de reações, pela percepção de variações na tonalidade dos objetos envolvidos em cada tranformação, tanto a partir de uma equação default, como introduzida pelo usuário. O programa encontra-se sob registro no. 08869-3 junto ao Instituto Nacional de Propriedade Industrial (INPI).
Características do SISMA
Para o estudo das relações entre reagentes e produtos o programa permite a inserção de compostos (Object), caminhos (Path), figuras e anotações no mapa, armazenamento e leitura de mapas, simulação das variações nos teores relativos de cada composto por gráfico de pontos e linhas simultaneamente às que ocorrem no próprio mapa, pausa, interrupção, retrocesso e avanço da visualização a qualquer momento da simulação, geração automática e exportação de planilha contendo os valores numéricos de cada objeto transformado em cada instante, e impressão instantânea do mapa no ponto de uma transformação desejada. Dessa forma, o programa torna dinâmica a visualização de forças e de fluxos que são apresentados de forma estática em diagramas e mapas, tanto em Bioquímica, como para qualquer tema que envolva esse tipo de representação.
À despeito da usabilidade facilitada por mouse, sem a necessidade de inserção de comandos de texto, o Sisma faculta a modificação de todos os elementos do mapa (objetos, caminhos, equações, nomes, cores, posições) por edição do arquivo do mapa em bloco de notas, agregando valor a um Ensino Reprodutível com a ferramenta.
O programa foi desenvolvido em parceria com o Prof. Dr. Luiz Eduardo da Silva, do Departamento de Ciência da Computação (DCC/UNIFAL-MG), e discentes de Iniciação Científica.
Exemplo de telas
Download
O arquivo comprimido contendo o programa é obtido neste LINK
Dica rápida de uso !
Para utilizar o Sisma baixe o arquivo do link acima e descompacte-o em seu PC. O programa não requer instalação, apenas máquina virtual JAVA. Para executá-lo, vá para a pasta “dist” e clique no arquivo executável de Java (“Sisma_Realese_1.jar”).
Este tutorial rápido em vídeo ilustra o uso descrito abaixo.
Clique com o botão direito do mouse e selecione Object para inserção de um composto. Repita o último procedimento num outro local da folha em branco do programa, mas desta vez reduzindo a intensidade de cor na barra de rolagem. Agora ligue os dois objetos clicando num vértice de um deles e arrastando o mouse para o vértice de outro. Finalmente, clique em OK e rode a simulação pelo ícone Play, para visualizar a conversão de matizes do primeiro para o segundo objeto.
Ebook
Para inserir objetos e caminhos no Sisma, bem como elaborar, simular e avaliar reações enzimáticas, cadeias ou redes metabólicas dinâmicas, baixe o livro SISMA - Visualização Dinâmica em Catálise & Metabolismo. Seguem alguns exemplos de arquivos para transformações dinâmicas com o Sisma.
Exemplos de mapas dinâmicos com Sisma
Condição de Briggs-Haldane
Efeito de Vm e Km
Efetor e cooperatividade positiva
Modulador negativo
Ajuste induzido
Glicólise
Metabolismo de carboidratos
Mapa metabólico
SISMA online - SismaWeb !!!
À despeito de sua usabilidade, o programa SISMA requer que seja carregado em computador, o que reduz seu potencial de uso numa era de dispositivos móveis e acesso online. Nesse sentido, uma versão em nuvem está em desenvolvimento junto à equipe, utilizando-se JavaScript com a biblioteca P5.js, preservando-se as funcionalidades existentes na versão standalone do SISMA, e acrescentando outras habilidades.
Um esboço para futuro protótipo pode ser visualizado junto ao endereço SismaWeb.