Jmol - Visualização De Modelos Moleculares
O Jmol é um programa de código-fonte e distribuição livres para representação de modelos moleculares tridimensionais, sendo oferecido sob a licença GLPL (GNU Lesser General Public License). O Jmol permite uma diversidade de renderizações cromáticas, movimentos de translação e rotação das moléculas, ampliação visual, cálculos de distância, ângulos, estruturas e superfícies, otimizações moleculares, e animações, dentre outros.
O programa é multiplataforma (Windows, Mac OS X, Linux, Unix) elaborado em ambiente Java, e pode ser executado tanto em versão fechada (standalone), como integrado a outras aplicações em Java, ou ainda junto a buscadores de internet por auxílio de um applet. Quando instalado, Jmol pode rodar tanto a partir de uma pasta de diretório contendo seus arquivos, como a partir de um disco rígido ou mídia removível (pendrive).
Os conteúdos desenvolvidos com Jmol para Bioquímica e temas afins são visualizados em Bioquímica Estrutural Guiada Por Jmol. Trata-se de uma obra para aprendizado autônomo das principais estruturas moleculares em Bioquímica, elaborado num formato itemizado, e permitindo um acompanhamento progressivo dos temas tratados com auxílio do visualizador.
Os modelos contidos no ebook são obtidos neste LINK, separados por capítulos do ebook, ou em aquivo único comprimido (zip), contendo as imagens renderizáveis. As figuras são abertas em qualquer visualizador de imagens de forma estática, ou renderizam-se tridimensionalmente pelo Jmol.
Dica rápida de uso !
O Jmol é acessado online por diversos sítios de Biologia Estrutural, tais como First Glance in Jmol do Proteopedia, ou o St. Olaf College.
Este tutorial rápido em vídeo ilustra uma dica também para outro site .
Assim, basta entrar no link, clicar com o botão direito do mouse no espaço vazio (canvas), buscar File->Load->Open from PDB, e digitar um código do banco de dados online Protein Data Bank como, por exemplo 5cyt (citocromo C).
Por outro lado, se desejar o estudo de alguma figura do ebook, baixe o arquivo desejado do link de imagens, e arraste-o para a janela do FGJM, para renderizar a estrutura em 3D automaticamente.
Por outro lado, se desejar o estudo de alguma figura do ebook, baixe o arquivo desejado do link de imagens, e arraste-o para a janela do FGJM, para renderizar a estrutura em 3D automaticamente.
Bioquímica Estrutural Guiada Por Jmol
Os links abaixo possibilitam experimentar um material em construção totalmente online para aprendizado em Bioquímica e uso do Jmol. Este material está sob portabilização e adaptação a partir do ebook constante nesta página.
Outros programas para visualização de modelos moleculares
Existem diversos programas para renderização tridimensional de modelos atômicos, tanto standalone, para dispositivos móveis (Android, iPhone), como online. Uma rápida busca na internet permite acessar programas como: