SISMA - Dinâmica Visual de Transformações
Sisma é um programa
elaborado com a proposta de gerar uma imagem dinâmica de transformações
ocorridas entre reagentes e produtos de reações isoladas ou em rede,
pela simples inserção de compostos (object) interligados por
setas (path). Nesse sentido, o programa foi desenhado para
facilitar a inserção de reagentes e vias metabólicas, simulando
o que se desenharia com um lápis e uma folha de papel em
branco.
O programa foi escrito em Java e
permite visualizar e avaliar dinamicamente a transformação de reagentes
e produtos em uma reação isolada, um fluxo metabólico, ou mapas
complexos. O nome Sisma refere-se ao acrônimo para
Sistema de Mapas Autocatalíticos. O programa realiza
uma simulação visual e quantitativa num mapa de reações, pela percepção
de variações na tonalidade dos objetos envolvidos em cada
tranformação, tanto a partir de uma equação default, como
introduzida pelo usuário.
Características do SISMA
Para o estudo das relações entre reagentes
e produtos o programa permite a inserção de compostos (Object),
caminhos (Path), figuras e anotações no mapa, armazenamento e
leitura de mapas, simulação das variações nos teores relativos de cada
composto por gráfico de pontos e linhas simultaneamente às que ocorrem
no próprio mapa, pausa, interrupção, retrocesso e avanço da visualização
a qualquer momento da simulação, geração automática e exportação de
planilha contendo os valores numéricos de cada objeto transformado em
cada instante, e impressão instantânea do mapa no ponto de uma
transformação desejada. Dessa forma, o programa torna dinâmica a
visualização de forças e de fluxos que são apresentados de
forma estática em diagramas e mapas em Bioquímica e áreas
afins.
O programa foi desenvolvido em parceria com o Prof. Dr. Luiz Eduardo da Silva, do Departamento de Ciência da Computação (DCC/UNIFAL-MG) e três discentes de Iniciação Científica.
O programa foi desenvolvido em parceria com o Prof. Dr. Luiz Eduardo da Silva, do Departamento de Ciência da Computação (DCC/UNIFAL-MG) e três discentes de Iniciação Científica.
Exemplo de telas
Download
O arquivo comprimido contendo o programa é
obtido neste LINK
Dica rápida de uso !
Para utilizar o Sisma
baixe o arquivo do link acima e descompacte-o em seu PC. O
programa não requer instalação, apenas máquina virtual JAVA.
Para executá-lo, vá para a pasta “dist” e clique no arquivo
executável de Java (“Sisma_Realese_1.jar”).
Este tutorial rápido em vídeo
ilustra o uso descrito abaixo.
Clique com o botão direito do mouse e
selecione Object para inserção de um composto. Repita o último
procedimento num outro local da folha em branco do programa,
mas desta vez reduzindo a intensidade de cor na barra de rolagem. Agora
ligue os dois objetos clicando num vértice de um deles e arrastando o
mouse para o vértice de outro. Finalmente, clique em OK e rode
a simulação pelo ícone Play, para visualizar a conversão de
matizes do primeiro para o segundo objeto.
Ebook
Para inserir objetos e
caminhos no Sisma, bem como elaborar, simular
e avaliar reações enzimáticas, cadeias ou redes metabólicas dinâmicas,
baixe o ebook SISMA - Visualização
Dinâmica em Catálise & Metabolismo (ISBN
978-65-00-52124-5).
Exemplos de Mapas do Sisma
Condição de Briggs-Haldane do estado estacionário